De stuurgroep van AMCRA heeft als doel de strategische objectieven te definiëren. Deze doelstellingen worden jaarlijks in samenspraak met de Raad van Bestuur  opgemaakt. Andere taken van de stuurgroep zijn de evaluatie van de werking en realisaties, en het waken over de neutraliteit van AMCRA. Verder beoordeelt de stuurgroep de begroting en voert ze een jaarlijkse evaluatie uit van de rekeningen. 

De stuurgroep is samengesteld uit vertegenwoordigers van het Federaal Agentschap voor de Veiligheid van de Voedselketen (FAVV), het Federaal Agentschap voor Geneesmiddelen en Gezondheidsproducten (FAGG), de Federale Overheidsdienst Volksgezondheid, Veiligheid van de Voedselketen en Leefmilieu en Sciensano, waarnemers van de permanente staf en van de Raad van Bestuur van AMCRA.

De Raad van Bestuur van AMCRA bepaalt jaarlijks, samen met de stuurgroep, welke strategische doelstellingen door AMCRA moeten behaald worden. Ze ziet toe op het realiseren van de operationele doelstellingen door de permanente staf om bovengenoemde doelstellingen te behalen, en op de dagelijkse werking van het kenniscentrum. Andere taken zijn de opstelling van het jaarverslag en financiële verbintenissen, het rekruteren en aanstellen van de staf en eventuele externe experten. De Raad van Bestuur staat ook in voor het samenroepen van de adviesraad en de technische werkgroepen. 

De Raad van Bestuur bestaat uit vertegenwoordigers van de faculteiten diergeneeskunde van de Universiteit Gent en Universiteit Luik, de farmaceutische industrie pharma.be, de mengvoederorganisatie Belgian Feed Association, de dierenartsen organisaties VeDa, UPV en SAVAB-Flanders, de landbouworganisaties Boerenbond, ABS en FWA.

De permanente staf van AMCRA is werkzaam in de eenheid ‘advies en communicatie’ en in de ‘eenheid data-analyse antibioticumgebruik’. De staf wordt in haar dagelijkse werking aangestuurd door de coördinator.

De eenheid ‘advies en communicatie’ voert de operationele doelstellingen uitin samenspraak met de Raad van Bestuur. Adviezen en richtlijnen worden uitgewerkt om te kunnen beantwoorden aan specifieke wetenschappelijke of technische vragen in het kader van het bereiken van de reductiedoelstellingen. Technische werkgroepen worden opgericht en de samenstelling varieert naargelang het onderwerp (zie de lijst van de gepubliceerde adviezen in de pagina “Advies en wetgeving”). Naast de adviserende rol voor de overheid en de sectoren heeft AMCRA ook een centrale rol in de communicatie en sensibilisatie van alle betrokken stakeholders. Een overzicht van het sensibilisatiemateriaal ontwikkeld door AMCRA kan in de pagina “Sensibilisatie” gevonden worden.

De data-analyse-eenheid verzorgt de analyse van de antibioticumgebruiksdata bij dieren in België, gecollecteerd door overheids- en private systemen.

In haar werking streeft AMCRA naar een communicatie naar alle betrokken partijen via een jaarlijkse adviesraad, die traditioneel in juni wordt georganiseerd. Sinds de ondertekening van het antibioticumconvenant in 2016 is de adviesraad tevens een communicatiemoment waar ook de genomen initiatieven van de leden-sectoren en de overheid in het afgelopen jaar worden meegedeeld.

Verder worden tijdens de adviesraad de verkoop- en gebruikscijfers (BelVet-SAC) van antibiotica bij dieren in België van het voorbije jaar breed gecommuniceerd.  Deze cijfers worden gekoppeld aan de vooropgezette kwantitatieve reductiedoelstellingen van het antibioticumgebruik (zie Visie 2020 en Visie 2024). Ook worden de trends van de beschikbare antibioticumresistentiegegevens van de nationale monitoringsprogramma's bekend gemaakt om de evolutie in het voorkomen van resistentie bij indicatorkiemen en zoönotische bacteriën op te volgen.