Bacteriële enteritis is de voornaamste indicatie waarvoor antibacteriële behandelingen ingezet worden bij pluimvee. Recent werden voor deze indicatie aanpassingen doorgevoerd in het e-formularium over wanneer antibiotica geïndiceerd zijn. De rol van antibiotica in deze pathologie is niet eenduidig. Rekening moet gehouden worden met het mogelijks triggeren van het ontstaan van een dysbiosis na de toediening van therapeutische dosissen antibiotica en dit door een verstoring van de microbiota. Daarom wordt in deze vernieuwde versie een antibioticatherapie pas aanbevolen bij een ernstige ontsteking. De mate van ernst wordt beoordeeld via macroscopische scoring van de darmen. Een score hoger dan 5 wijst op een ernstige enteritis.